Dois anos se passaram desde o ataque do CCG em Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido à crescente influência do CCG, os ghouls continuam a representar um problema, pois começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como Quinx Squad, pode dar ao CCG o empurrão necessário para exterminar os moradores indesejados de Tóquio. Como humanos que passaram por cirurgia para usar as habilidades especiais dos ghouls, eles participam de operações para erradicar as criaturas perigosas. O líder deste grupo, Haise Sasaki, é um meio ghoul, meio humano que foi treinado pelo famoso investigador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, há mais neste jovem do que aparenta, enquanto memórias desconhecidas arranham sua mente, lentamente o lembrando da pessoa que ele costumava ser.